Tata kelola Prodi PJKR berada di bawah Departemen Pendidikan Jasmani, Kesehatan dan Rekreasi. Struktur organisasi PJKR dipimpin oleh seorang koordinator program studi yang berkoordinasi dengan kepala laboratorium dan dosen PJKR. Gambar berikut menggambarkan struktur organisasi PJKR.

Koordinator Program Studi (Plt)
Dr. Hedi Ardiyanto Hermawan, M.Or NIP : 19770218 2008011002 NIDN : 0018027703