Tujuan penyelenggaraan prodi PJKR FIK UNY adalah:

1. Menghasilkan lulusan sarjana kependidikan dan pendidik/guru profesional bidang Pendidikan Jasmani Olahraga dan Kesehatan (PJOK) di tingkat pendidikan menengah pertama dan menengah atas disertai sikap: Simpatik, Profesional, Optimis, Rasional, Takwa, Inovatif, dan Futuristis (SPORTIF), yang unggul dan berdaya saing di tingkat nasional maupun Asia.
2. Tersusunnya luaran hasil penelitian, artikel, dan buku-buku ajar yang dihasilkan oleh dosen-dosen program studi untuk peningkatan kualitas pembelajaran yang berimplikasi pada peningkatan kualitas lulusan yang dapat digunakan sesuai dengan kebutuhan stakeholder.
3. Terselenggaranya  pengabdian   masyarakat   yang   memberikan   impact  secara langsung maupun tidak langsung tentang pengembangan cakrawala dosen di luar lembaga Universitas dengan rasa empati, sehingga sebagai dukungan untuk pengembangan wawasan kompetensi lulusan yang dibutuhkan oleh pengguna lulusan.
4. Terselenggaranya berbagai kerjasama dengan lembaga mitra dibidang pendidikan jasmani dan pendidikan jasmani adaptif baik nasional maupun asia.
5. Tercapainya aktivitas pengembangan  softskill dan  kemampuan  bahasa  inggris sebagai pendukung kompetensi lulusan.